Открываете WWW-домены в категории Домены
Выделяете нужный домен
Нажимаете кнопку "Конфиг"
Вносите изменения и для применения настроек нажимаете кнопку ОК
Учтите, что панель не проверяет правильность введенных настроек и в случае неверных параметров у вас может не запуститься web сервер apache.
Поэтому, лучше перед изменением каких-либо параметров сохранить старые настройки виртуального хоста в буфер или отдельный файл.